O setor portuário é caracterizado pelo porto organizado com infra-estrutura portuária em área pública, além de terminais privados que são instalações autorizadas localizadas em áreas particulares fora desse porto organizado. O aumento da economia mundial e as trocas comerciais entre os vários países potencializam esse setor. A maior parte do transporte de mercadorias e bens em todo mundo é por via marítima.
O Brasil possui um setor portuário que realiza mais de 90% das exportações do país numa costa com 8,5 mil quilômetros navegáveis. Existem mais de 30 portos públicos (entre marítimos e fluviais) e pouco mais da metade desses estão delegados, concedidos ou têm operação autorizada para ser administrado por governos estaduais e municipais. Dezenas de terminais de uso privativo e complexos portuários operam sob concessão à iniciativa privada. São movimentados aproximadamente 700 milhões de toneladas de diversas mercadorias anualmente. O modal aquaviário tem um dos menores custos para o transporte de cargas no Brasil.
O setor portuário brasileiro é forte e extenso com investimento alto e crescimento de mais de 5% ao ano. O aumento da tecnologia e da inovação nos portos é uma característica presente. O transporte marítimo e fluvial foi reorganizado e a tipologia de navios, a tecnologia de movimentação de cargas e a estrutura físico-funcional portuária também foram alteradas. Os navios aumentaram seu tamanho e sua capacidade e deste modo passaram a necessitar de águas mais profundas, assim como da conteinerização de cargas. Essa última necessita de grandes áreas terrestres para armazenagem, as quais são designadas como áreas retroportuárias.
As instalações portuárias são avaliadas como potencialmente poluidoras e sujeitas ao licenciamento ambiental. Acordos internacionais, códigos e instrumentos têm apontado preocupações e mudanças que devem ocorrer para o controle da poluição. Essa ênfase no meio ambiente faz parte da gestão atual dos negócios. Os seguintes eventos são indicados como fontes de poluição nesse setor: geração de resíduos sólidos dos navios que entram e saem do porto; geração de efluentes dos navios que entram e saem do porto; emissões atmosféricas dos navios que entram e saem do porto; acidentes ocorridos no porto; movimentação e armazenagem de cargas no porto; dragagem do canal de acesso; reparos e manutenção dos navios no porto; instalação de complexos industriais na zona portuária.
A poluição atmosférica é causada pela operação de carga e descarga, mas principalmente pelas emissões atmosféricas dos navios e dos veículos que transportam mercadorias até o porto. Entre as emissões que mais preocupam destacam-se: monóxido de carbono (CO), dióxido de nitrogênio (NO2), dióxido de enxofre (SO2), material particulado (MP) e hidrocarbonetos (HC). Já a poluição causada pelo transporte de carga está relacionada com manuseio de granéis sólidos (tais como carvão, soja em farelo, fertilizante, entre outros) que gera enorme fonte de partículas suspensas. Essas partículas causam danos à saúde das pessoas e também às edificações.
Os poluentes emitidos são transportados para zonas costeiras povoadas e causam problemas não só em nível local, como também regional e global. A poluição decorre do transporte marítimo dentro do porto, mas também de várias fontes que estão associadas ao uso de combustíveis fósseis. Essas outras fontes emissoras associadas, tais como movimentação de cargas, produzem emissões fugitivas. Estratégias de mitigação para reduzir os problemas são possíveis e é preciso identificar fontes de emissão, acompanhar sua dinâmica, assim como avaliar risco ambiental dos poluentes.